魚類
| 1. アユ |
| 2. サケ |
| 3. ヤリタナゴ |
| 5. タイリクバラタナゴ |
| 6. カマツカ |
| 8. タモロコ |
| 9. アブラハヤ |
| 10. オイカワ |
| 11. カワムツ |
| 12. フナ |
| 13. コイ |
| 14. ドジョウ |
| 15. スジシマドジョウ |
| 16. ナガレホトケドジョウ |
| 17. ナマズ |
| 18. ギギ |
| 19. アカザ |
| 20. メダカ |
| 23. ドンコ |
| 24. ヨシノボリ類 |
| 25. カジカ |
| アユ 由良川の魚と言えばアユのイメージです。アユは古くから川漁に欠かせない魚で、人と由良川を繋いできた魚でもあります。藻類を主食とする魚だけに、川の澄み具合や餌となる藻類の良し悪しが味や匂いに影響すると言われます。
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| サケ 毎年秋が深まるころ由良川をサケが遡上してきます。
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| ヤリタナゴ タナゴ類は繁殖期の婚姻色も美しく、既に江戸時代には釣りや観賞用として人気がありました。本来、環境適応力の強い魚種ですが、生息には二枚貝の存在が欠かせません。現在、福知山市内には少なくともアブラボテ、カネヒラ、ヤリタナゴ、外来種タイリクバラタナゴの4種が生息していますが、マツカサガイなどの淡水貝類が水路のコンクリート化で激減しているため、これらのタナゴ類も絶滅の危機にさらされています。
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| タイリクバラタナゴ
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| カマツカ
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| タモロコ
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| アブラハヤ
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| オイカワ
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| カワムツ
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| フナ
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| コイ
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| ドジョウ
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| スジシマドジョウ 澄んだ流れを好み、由良川本流中流域から支流中流域までほぼ全域に生息していますが、川底に砂礫がある場所に限られます。
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| ナガレホトケドジョウ 上流域の人里離れた山間部の細流に生息し、目に触れる機会は少ないですが、福知山市内の河川上流域ではそれなりの数が生息しています。
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| ナマズ
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| ギギ 昔より減りましたが、由良川ではまだ良く見かけます。つかむと「ギイギイ」と鳴き声のような音を出しますが、実は腹鰭の骨を擦って音を出しています。
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| アカザ 清流にすむ魚で近年急速に減少しています。河川の汚濁により、その生息域は上流部に追われています。福知山市内でも減少していますが、流れの緩い清流を丁寧に探すと、わりと容易に見つけることができます。不用意につかむと、背鰭と胸鰭のトゲが刺さり、とても痛い思いをすることになります。
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| メダカ 渓流や清流、由良川本流にはおらず、流れのない由良川沿いのワンドや用水路などで見かけます。2013年、日本の野生メダカはキタノメダカとミナミメダカの2種に分けられました。福知山はその両種が混在する貴重な地域です。
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| ドンコ 比較的きれいな水を好み、里山の小川では顔なじみの魚です。迷彩模様に自信があるのか、かなり接近するまでは逃げません。
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| ヨシノボリ類
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| カジカ
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